O saramugo apresenta uma distribuição fortemente fragmentada, que se cinge à bacia hidrográfica dos Rios Guadiana (troços médios e inferior), isto é, entre o Rio Estena perto de Ciudad Real em Espanha e a Ribeira de Odeleite no sul de Portugal -  e Guadalquivir, neste último unicamente no rio Bembézar.

Em Portugal, ocorre essencialmente em pequenos cursos de água das ribeiras afluentes do rio Guadiana.

A contração da área de distribuição e a diminuição dos efetivos populacionais desta espécie, verificadas a partir da década de 1970, ocorre até aos dias de hoje, tendo-se registado uma redução muito significativa, tanto em termos de abundância como de distribuição, sobretudo na região superior e central da bacia do rio Guadiana em território nacional.
 

Adaptado do Plano de Ação do Saramugo.
 

No final do século passado o saramugo estava referenciado para as sub-bacias do Álamo, Ardila (rio Ardila e ribeiras da Múrtega, Safareja e Murtigão), Caia (a montante da barragem), Carreiras, Chança (a montante da barragem), Degebe (ribeiras da Pardiela e Pecena), Foupana, Odeleite (a montante da barragem), Vascão e Xévora. Atualmente assiste-se a uma situação de pré-extinção no Alto Guadiana (rios Caia, Xévora, Degebe e Álamo) e de redução significativa na área de distribuição no Baixo Guadiana. Apesar da distribuição estar muito fragmentada o Saramugo apresenta ainda uma elevada diversidade genética intra e interpopulacional, sugerindo que o isolamento das populações relativamente recente das últimas décadas não terá ainda tido consequências graves a nível da variabilidade genética, embora esta perda não possa ser excluída, uma vez que a variabilidade das populações ancestrais não é conhecida.
 

Para além disso, a baixa capacidade de dispersão da espécie tem importantes implicações para a sua persistência a nível regional, uma vez que o regime semiárido da bacia, em conjugação com a crescente pressão humana sobre o meio aquático, fazem prever fenómenos de gargalo e extinção local que serão mais frequentes se não forem tomadas medidas adequadas.