O saramugo é uma espécie reofílica – i.e. desenvolve o seu ciclo de vida em troços fluviais que apresentam correntes moderadas a fortes – que ocorre preferencialmente abaixo dos 350 metros de altitude, em cursos de água, estreitos (< 20m) e pouco profundos (< 60cm) com substrato grosseiro (e.g. cascalho, pedras) e com vegetação aquática (imersa e ao longo das margens).
Preferencialmente ocupa água oxigenadas (> 9mg/L) de corrente baixa a moderada (0,0-0,6 m/s) com temperaturas que variam entre os 8,5 e os 18ºC, existindo algumas exceções.
