Açude - obstáculo não natural (ex. moinho de água) à passagem de um fluxo de água superficial ou subterrânea.
Alevinagem - fase inicial de desenvolvimento dos peixes (alevim=larva de peixe).
Amentilho - Inflorescência em forma de espiga, geralmente pendente, formada por flores unissexuadas e nuas (sem pétalas), numa longa estrutura estreita e cilíndrica, em forma de "cauda de gato".
Anádromo - peixe migrador que passa a maior parte do seu ciclo de vida no mar, entrando nas águas doces para se reproduzir.
Assoreamento - processo de deposição de sedimentos num curso de água ou massa de água, que conduz à elevação do leito.
Autóctone - espécie presente originalmente na área. Sinónimo de indígena.
Bacia hidrográfica – Área de drenagem de uma rede hidrográfica. Depressão de terreno ocupado por um rio e pelos seus afluentes.
Barbilhos - estruturas não ossificadas que se localizam junto à boca, de tamanho e números variáveis, normalmente com funções tácteis.
Bentónico - organismo que, nos ecossitemas aquáticos, vive no ou próximo do fundo (por oposição ao pelágico).
Biodiversidade - termo que expressa a variabilidade e diversidade especifica de seres vivos nos ecossitemas.
Catádromo - peixe migrador que passa a maior parte do seu ciclo de vida nas águas doces e salobras, voltando ao mar apenas para efeitos reprodutores.
Curso de água intermitente - curso de água que flui apenas como resposta direta à precipitação ou à alimentação por uma nascente intermitente.
Curso de água permanente - curso de água com escoamento continuo durante todo o ano.
Curso de água temporário - curso de água seco, exceto durante a estação das chuvas.
Diretiva aves - Diretiva 2009/147/CE diz respeito à conservação de todas as espécies de aves que vivem naturalmente no estado selvagem no território europeu dos Estados Membro ao qual é aplicável o Tratado. Tem por objeto a proteção, a gestão e o controlo dessas espécies e regula a sua exploração. Para a concretização deste objetivo, cada um daqueles Estados tomará as medidas necessárias para garantir a proteção das populações selvagens das várias espécies de aves no seu território da União Europeia, estabelecendo um regime geral para a sua proteção e gestão.
Diretiva habitats - Diretiva 92/43/CEE "relativa à preservação dos habitats naturais e da fauna e da flora selvagens", tem como principal objetivo contribuir para assegurar a conservação dos habitats naturais (Anexo I) e de espécies da flora e da fauna selvagens (Anexo II), com exceção das aves (protegidas pela Diretiva Aves) considerados ameaçados no território da União Europeia.
Dulçaquícola – Que vive na água doce.
Endemismo - Taxon (espécie, género, etc.) cuja distribuição geográfica está restringida a uma determinada área geográfica.
Espécie - Subdivisão que abrange todos os seres ou indivíduos que se distinguem dos restantes por um carácter específico que só a eles é comum.
Exótico - Que é de país ou de clima diferente daquele em que vive ou em que se usa.
Fertilizar – Tornar fértil; fecundar.
Fertilização – Ato ou efeito de fertilizar.
Flancos - Lado, ilharga.
Flora – Conjunto das plantas de uma região.
Hibridação - Ato de produzir híbridos, geralmente plantas ou animais.
Ictiofauna - Conjunto das espécies de peixes que existem numa determinada região biogeográfica.
Invertebrados - Denominação comum aos protozoários, celenterados, vermes, equinodermos, artrópodes e moluscos.
Nativo - que ocorre de forma natural em um determinado ecossistema ou região.
Pego – O sítio mais fundo de um rio, lago, etc.
Táxon - Unidade de um sistema de classificação científica.
Vertebrado - Divisão dos animais que têm esqueleto ósseo ou cartilaginoso.