As descargas de efluentes não tratados de origem urbana, industrial e agrícola bem como as fontes de poluição difusa resultantes da utilização de pesticidas e fertilizantes cria situações de elevada eutrofização do meio aquático, com consequente deterioração da qualidade da água podendo levar a situações de elevada toxicidade.
Adicionalmente a presença de gado na linha de água provoca o incremento da poluição microbiológica e o aumento da carga orgânica em suspensão na água através da deposição de excrementos e pisoteio das lamas dos leitos contribuindo para a redução da qualidade da água.
A poluição tem maior impacto durante os períodos mais secos do ano sobre as espécies menos tolerantes e mais ameaçadas como é o caso do saramugo.
Os pegos constituem refúgios de muitas espécies faunísticas e são particularmente importantes para a fauna piscícola que neles sobrevive até que a precipitação do ano seguinte permita o restabelecimento do escoamento superficial e a recolonização de outros setores fluviais.
