As captações de água para rega ou abeberamento do gado provocam a diminuição dos caudais, reduzindo o habitat disponível.
A redução de caudal provoca ainda um aumento da concentração de poluentes, e altera as características dos habitats (velocidade da corrente, temperatura, oxigénio dissolvido, concentração de nutrientes dissolvidos) adequadas para as espécies.
Adicionalmente a captação de água a partir dos pegos durante o período de estiagem é particularmente grave, pois é nestes locais que os peixes encontram refúgio, até que o nível de água volte a subir, e possibilite a recolonização de todo o curso de água de forma a completar o seu ciclo de vida.